Sekolah Pertanian Pembangunan (SPP) Negeri Bone, merupakan peningkatan status dari SPP-SPMA Daerah Tingkat II Bone menjadi SPP Negeri Bone sejak Tanggal 14 Agustus 1986 yang dituangkan penyerahannya kepada Departemen Pertanian c.q. Badan Diklat Pertanian melalui surat keputusan Bupati Kepala Daerah TK. II Bone No. 219/VIII/1986 Tanggal 6 Agustus 1986. Sejak tahun tersebut SPP Negeri Bone berlokasi di kampus lama Jl. Biru Watampone, sekarang Jl. Jenderal Sudirman ex. Kantor Sekretaris Bimas Kabupaten Bone Pada hari Senin Tanggal 17 Juli 1987 seluruh aktivitas SPP Negeri Bone dipindahkan dari kampus lama ke kampus baru di Jl. Sungai Musi Km.8 Waetuwo. Sesuai SK Mentan No. 121/Kpts/DL. 210/1989 tanggal 22 Pebruari 1989, tentang Kurikulum dan Program Studi SPP, maka SPP Negeri Bone mulai tahun 1989 menyelenggarakan Program Studi Budidaya Perikanan dan telah meluluskan sebanyak 1.828 orang siswa yang tersebar diseluruh pelosok tanah air Indonesia. Pada bulan April 1993 sesuai SK Menteri Pertanian No. 299/Kpts/KP.430/4/1993, tanggal 19 April 1993 telah terjadi pergantian Kepala SPP Negeri Bone dari Bapak Maman Tjarmana M.Ed (Alm) ke Bapak Drs. Radjudin Samad. Pada tahun ajaran 1994/1995 sesuai surat Kapusbindiktan No. DL.210/388/1994, tanggal 22 Januari 1994 SPP Negeri Bone mulai membuka Program Studi Penangkapan Ikan, namun hanya satu angkatan karena keterbatasan sarana dan tenaga pendidik dalam bidang penangkapan. Pada tanggal 8 Mei 1998 terjadi pergantian kepala SPP (Sekolah Pertanian Pembangunan) yang ke III sesuai surat keputusan Menteri Kelautan dan Perikanan No.177/Kep/DL.110/7/1996 yaitu dari Bapak Drs. Radjudin Samad kepada Bapak Agoes Irianto, S.Pi. kemudian pada tanggal 19 juli tahun 2000 SPP yang dibawah naungan Departemen Eksplotasi Laut dan Perikanan, berubah menjadi SUPM dibawah Departemen Kelautan dan Perikanan sesuai surat keputusan Menteri Pendayagunaan Aparatur Negara No. 250/M.PAN/7/2000. Pada tanggal 24 februari 2003 terjadi pergantian kepala SUPM Negeri Bone yang ke IV sesuai surat keputusan Menteri Kelautan dan Perikanan No.Kep.10/SJ.DKP/KP.141/2003 yaitu dari bapak Agoes Irianto, S.Pi kepada Bapak Ir. Idham Ruray, M.P. pada tanggal 13 April 2009 terjadi pergantian kepala sekolah SUPM yang ke V sesuai surat keputusan Menteri Kelautan dan Perikanan No. KEP07/SJ-DKP/KL.430/2009 yaitu dari bapak Ir. Idham Ruray, M.P ke Bapak Ir. Yip Regan, M.P sampai sekarang. Pada bulan Juli tahun 2000 sesuai surat Menteri Pemberdayaan Aparatur Negara No. 250/M.PAN/7/2000, tanggal 19 Juli 2000 tentang Persetujuan Pengalihan Unit Pelaksana Teknis (UPT) Pertanian di Bidang Perikanan ke Departemen Eksplorasi Laut dan Perikanan, maka sejak itu pula SPP Negeri Bone dibawah naungan Departemen Eksplorasi Laut dan Perikanan (sekarang bernama Departemen Kelautan dan Perikanan). Pada bulan Mei 2001 sesuai Surat Keputusan Menteri Kelautan dan Perikanan No. 26 L./MEN/2001, tanggal 1 Mei 2001, terjadi perubahan nama SPP Negeri Bone menjadi SUPM Negeri Bone sampai sekarang. Pada tahun 2004 SUPM Negeri Bone membuka jurusan program studi Teknologi Pengolahan Hasil Perikanan (TPHP). Pada tahun 2007 SUPM Negeri Bone membuka kembali program studi Nautika Perikanan Laut (NPL). Dan pada tahun ajaran 2014/2015 SUPM Negeri Bone membuka jurusan baru yaitu program study Teknika Perikanan (TP) . Saat ini SUPM Negeri Bone mempunyai 4 program studi yaitu : 1. Program studi Teknik Budidaya Perikanan (TBP) 2. Program studi Teknik Pengolahan Hasil Perikanan (TPHP) 3. Program studi Nautika Perikanan Laut (NPL) 4. Program studi Teknika Perikanan Laut(TPL)